In den letzten Abschnitten wurde aufgezeigt, dass man mittels Biomasse sowohl Wärme gewinnen kann, als auch elektrischen Strom erzeugen kann.
Somit kann man über Biomasse bereits zwei wichtige menschliche Energiebedürfnisse decken. Ein weiteres Bedürfnis, dass Menschen in der heutigen Zeit haben, ist die Mobilität.
Da man mittels Biomasse auch Kraftstoffe herstellen kann, kann die Verwendung von Biomasse somit auch dieses menschliche Energiebedürfnis erfüllen.

So kann Biomasse als Alternative zu den bislang zumeist verwendeten Kraftstoffen, Benzin oder Diesel, zum Einsatz kommen, dessen Ressourcen immer knapper werden und dessen Kosten somit auch immer höher werden.
Neben dem Vorteil bezüglich der Rohstoffkosten hat die Verwendung von Biokraftstoffen noch den Vorteil, dass die Emissionen an CO2 bei der Verwendung als Kraftstoff in der Gesamtbilanz erheblich geringer sind, als bei der Verwendung konventioneller Kraftstoffe.

Biokraftstoffe werden zur Zeit hauptsächlich in drei verschiedenen Varianten verwendet:

a) Biodiesel

Um Biodiesel herzustellen wird zumeist der Rohstoff Raps zu Rapsmethylester (RME) verestert. Rapsmethylester kann dann als Biodiesel zum Einsatz kommen.
Biodiesel wird am Häufigsten in Europa und dort vor allem in der Bundesrepublik Deutschland verwendet.

b) Bioethanol

Während Biodiesel in Europa der am meisten verwendete Biokraftstoff ist, wird weltweit gesehen Bioethanol am Häufigsten als alternativer Kraftstoff eingesetzt.
So wird Bioethanol vor allem in Südamerika und den USA hergestellt und verwendet. Als Rohstoffe für die Herstellung von Bioethanol dienen hauptsächlich Zuckerrohr und Getreide.

c) Pflanzenöl

Es ist auch möglich Fahrzeuge mit reinem Pflanzenöl anzutreiben. Obwohl die Herstellung von reinem Pflanzenöl sehr einfach ist, wird diese Variante des Biokraftstoffes derzeit nur in sehr kleinem Stile verwendet.

Der Anteil von Biokraftstoffen ist in den letzten Jahren stetig gestiegen und soll noch weiter ausgebaut werden.
So soll der Anteil von Biokraftstoffen an den insgesamt verwendeten Kraftstoffen laut einer Vorgabe der Europäischen Union bis zum Jahr 2020 zumindest 10% betragen.